南京市境内有长江、淮河、太湖三条水系，其中长江水系是南京市的主要水系，涉及南京市各区、县，流域面积6287.7km²，占南京市土地总面积的95.49%。淮河、太湖水系很小，淮河水系仅涉及六合区冶山、马集两镇，流域面积128.4 km²，占南京市土地总面积的1.95%。太湖水系仅涉及溧水县和风和高淳县桠溪两镇，流域面积168.8 km²，占南京市土地总面积的2.56%。

南京市长江水系按河道特征，又可细分出4条子水系，自北向南依次是滁河水系、长江南京河段沿江水系、秦淮河水系、水阳江水系。因此，南京市境内水系又可称有长江南京河段沿江水系、滁河水系、秦淮河水系、水阳江水系、淮河水系、太湖水系6条水系。

南京市境内6条水系流域范围内共有主要河道116条，其中大江大河干流4条，即长江南京河段干流、滁河干流、秦淮河干流、水阳江干流；大江大河分洪河道6条，即滁河干流的驷马山河、朱家山河、马汊河、岳子河、划子口河、秦淮河干流的秦淮新河；大江大河干流的1级支流河道69条，其中流域面积大于1000 km²的支流河道2条，大于100 km²的支流河道19条；流域面积较大或跨邻省、市的2级支流河道32条；3级支流河道5条。

6条水系116条主要河道共连接湖泊8座，其中中型湖泊1座，小型湖泊2座，城市特小型湖泊5座；连接水库251座，总库容57479×104m³，其中中型水库13座，总库容31829×104m³，小（1）型水库77座，总库容18431×104m³，小（2）型水库161座，总库容7219×104m³，塘坝11.62万面，库容近23220×104m³；连接设计流量大于100m³/s的水闸15座；连接日取水能力大于1万m³的泵站35座，农田骨干抗旱翻水线12条，干渠总长167.4km。