过江隧道是南京市首个完全采用BOT方式（建设-运营-移交）的重大基础设施项目，建设这个“长江第一隧”，政府“不投一分钱”。2004年9月，南京市发改委以招投标确定过江隧道项目法人，中国铁道建筑总公司一举中标，中铁公司旋与市交通集团、浦口国资公司共同出资组建南京长江隧道有限公司，中国铁建控股80%，市交通集团和浦口国资公司各控股10%。国家发改委有关负责人称，此举“为全国其他城市探索出一条城建项目投融资的新路，对国家下一步完善项目法人招标具有重要借鉴意义”。

　　根据《国务院关于投资体制改革的决定》规定，实行核准制的项目将不再经过批准项目建设书、可行性研究报告和开工报告的程序。3月7日，南京长江隧道工程获得国家发改委核准，成为该决定生效后首个被核准的重大城市基础设施项目。南京长江隧道公司作为项目法人，将全权负责过江隧道项目的投资、建设、运营和维护。

　　从股份合作建设长江三桥，采用BT方式（建设-移交）的内环东线，到通过BOT开建的过江隧道，南京重大基础设施项目投融资一再“破冰”。南京分管城建的市政府副秘书长魏竹琴说，南京近年每年城建投资都在400亿元以上，完全由政府“包办”，不但背上了沉重的“包袱”，资金短缺跟不上也影响了新项目的启动。采用BOT方式的项目法人招标，不但短期内筹措到巨额资金，还为政府省去了工程建设、管理的“环节”，轻装上阵，做好配合、服务就行了。隧道建成后市场化运营，也有利于提高效率。

　　和建成后移交、采用分期付款的BT不同，BOT的核心是以时间换取空间，以隧道建成后的一定时期受益权，换取对方投资。隧道建成后不是马上移交政府，而是划出一个为期30年的公司“经营管理期”，隧道公司在政府依法授予的特许经营权内，负责隧道的运营、维护，期满后无偿移交政府。隧道公司特许经营的范围包括：隧道通车后的车辆通行费，过江隧道冠名权、电信、电力管道和项目沿线区域内的相关配套服务设施（包括饮食、加油、车辆维修、商店等）的经营权，及工程范围内沿线广告权。