1998年长江发生了自1954年以来的又一次全流域性大洪水。从6月中旬起，因洞庭湖、鄱阳湖连降暴雨、大暴雨使长江流量迅速增加。受上游来水和潮汛共同影响，我省沿江潮位自6月25日起全线超过警戒水位。南京站高潮位7月6日达9.90米。沿江苏南地区自6月24日入梅至7月6日出梅。由于沿江潮位高，内河排水受阻，形成外洪内涝的严峻局面。秦淮河东山站最高水位10.28米，居历史第三位；滁河晓桥站最高水位达11.29米，超出警戒水位1.79米。 

　　7月下旬至9月中旬初，受长江上游干流连续7次洪峰及中游支流汇流叠加影响，大通站流量8月2日最大达82300立方米每秒，仅次于1954年洪峰流量，为历史第二位。南京站7月29日出现最高潮位10.14米，居历史第二位，在10.0米以上持续17天之久。镇江站8月24日出现8.37米的高潮位，仅比1954年低1厘米，居历史第三位。