1999年我省太湖、固城湖、石臼湖地区水位均超过历史最高记录，发生了历史罕见的特大洪水。6月6日我省淮河以南地区入梅，7月21日出梅，梅雨期长达45天，梅雨期间先后有4次集中降雨过程。 

　　太湖平均水位自6月10日超过警戒水位，7月1日突破历史最高水位4.81米，7月8日最高达5.08米，超过1991年的历史最高水位0.27米，在历史最高水位以上维持19天之久。同时阳澄淀泖、武澄锡地区和浦南地区内河水位也都接近或超过历史最高水位。 

　　固城湖高淳水位6月18日超过警戒水位，6月30日突破历史最高水位12.57米，7月1日最高13.07米，超过历史最高水位0.50米，在历史最高水位以上维持8天。石臼湖蛇山水位6月28日超过警戒水位，7月2日最高12.68米，超过历史最高水位0.27米。水阳江水碧桥水位6月16日超过警戒水位，7月1日最高13.08米，超过历史最高水位1.16米。 

　　长江干流继1998年大洪水后，1999年又一次发生了建国以来第二大流量洪水。7月23日大通实测流量83900立方米每秒，超过1998年最大流量1600立方米每秒，居历史第二位。 

　　太湖骨干防洪工程在防洪中充分发挥了效益，6月初太浦闸、望亭立交相继开闸泄洪，与1991年相比，太湖退水速度明显加快。