水是南京发展的优势，是城市的重要特征，水路变迁记载着南京有历史，水环境治理不仅可以改善生态环境，营造良好的水景观，而且有助于彰显城市特色。近年来，南京市社会各界一直关注水环境治理问题，在科学发展观的指导下，市领导发出了三年治水动员令，以期通过几年的努力，使城市水环境有明显的改善。“十五”期间，南京市的水环境得到了很大的改善，夹江水源地已得到基本保护，饮用水质在各大城市中名列前茅，污水收集率在全国居领先地位，秦淮河的治理取得明显成效，已成为南京市标志性的景观带。“十一五”期间，市政府将加大投入，加快重要河道和湖泊水系的环境治理与生态建设。
　　南京主城水系处于长江与秦淮水系交汇区，河道呈树枝状分布，汛期流域汇水相遇，河道纳洪陡急而泻洪不畅。为防洪排涝及农业水灌溉的需要，流域性河道及城区内河多处设闸控制，加剧了城区水系水流不畅。城区内河及内湖水水质均为劣五类水质，以有机污染及富营养化为特征。随着城市社会经济的发展及城市的急剧扩张，南京市主城水系水质受到严重污染。
　　然而，目前南京水源地单一，布局不合理，城市供水安全保障体系薄弱。南京城区水源地均来自长江，其中主要的供水水源地南京夹江段梅子洲头至洲尾全长12.6公里，承担着主城3/4的供水任务。目前，城市化的快速发展使得外江水源地被城市圈和化工园区所包围，水源地取水口与排污口交错分布，如城北水厂取水口两侧均建有小码头，建章建筑物处处可见，水源地水质受到污染，且有加剧之势。据长江南京段水质监测结果显示，长江中污染物平均超标率石油类达60%，大肠菌群达40%，有机化合物多达468种，其中37种为美国EPA优先控制污染物，25种为我国68种环境优先控制污染物名单物质，检出率大于50%的检出物有23种。水污染已成为影响南京饮用水水源地安全的首要问题。
　　近几年，沿江开发也给南京城市供水安全带来了巨大的压力，沿江分布的化工企业，以及有毒有害物质的运输、储存等，皆有可能因发生事故而造成化学品、油品泄漏，这都是水源地突发性水污染事故的潜在隐患。万一发生类似于松花江和广东北江的污染事故，在短时间内将会给城区供水带来极大的困难。因此，城市供水安全保障体系建设亟待加强，主城区的备用水源地，必须尽快加以论证与实施。
　　建议尽快制定应急供水预案，确保现有水源地在发生突发事件时取水安全。建立备用水源，通过水源地风险预警、安全保障体系的研究，制定应急供水预案，完善应急管理系统。我们认为，在现有南京主要水源地夹江，除控制船舶的行驶外，在分流上应备有拦污栅等，以对应突发污染事件。此外，应急预案中必须加入开发不同水系水源地建设的内容。南京有着丰富的地下水资源，除长江以外的水源地，可以考虑利用地下水。地下水作为一种资源，不能盲目开采，也不能因噎废食，选择可行位置建立一个利用地下水资源的水厂，日取水量在30－40万吨。平时可作为城市供水系统的一部分，又可成为长江水源地受到突发性事故污染的应急水源。但在采用地下水源时，应注意采补平衡，必要时辅以相应的补源措施。